В мире свыше 20 000 видов рыб. В Эстонии, по оценке, 75 видов рыб и круглоротых, из них 44 вида живут в пресной воде, остальные – мигрирующие (лосось, морская форель) и полумигрирующие (рыбец, язь, морской сиг) рыбы.

Рыбные запасы в Балтийском море

Главные промысловые виды рыб в Балтийском море – это салака, килька, треска, лосось. После спада 2004 года запасы салаки увеличились, а запасы кильки сократились

Запасы трески на Балтике длительное время были на низком уровне, причиной этого стала чрезмерная рыбная ловля. Совет по рыболовству Европейского Союза принял в 2007 году долговременную программу хозяйствования запасов трески в Балтийском море, применение которой дало хорошие результаты. Если до сих пор по причине низкого состояния запасов трески год от года приходилось снижать квоты ее вылова, то, начиная с 2010 года, следует ожидать небольшого увеличения квоты.

Ловля лосося базируется, главным образом, на выращенной в рыбных питомниках молоди, так как природные запасы лосося в Балтийском море все же низки.

Кроме вышеназванного, одним из наиболее часто вылавливаемых видов рыбы является камбала. Запасы камбалы достаточно велики, и на ловлю камбалы не было установлено количественных ограничений.

В прибрежных районах моря наблюдается некоторое увеличение запасов корюшки, щуки, а в Финском и Пярнуском заливах – запасов окуня.

Снова ухудшилось и находится на очень низком уровне положение с рыбными запасами в Проливной зоне моря, где в 2003 году были заметны признаки улучшения, благодаря созданию в 1999 и 2002 годах сильных поколений окуня. В регионе снижена мощность вылова, но на восстановление запасов рыбы влияет высокая естественная смертность по причине увеличения численности бакланов. 

С начала 1990-х годов уменьшились запасы судака, 90% улова судака в прибрежных водах выпадает на Рижский залив.

Запасы щуки, которые также выросли в 2003 году, снова сократились.

Запасы теплолюбивых рыб (красноперка, карась, серебристый карп, лещ и густера) в хорошем состоянии.

Рыбные запасы во внутренних водоемах

Численность судака в Чудском озере уменьшается, скорость его прироста замедлена по причине недостаточного питания (из-за отсутствия корюшки и ряпушки). Запасы других важнейших видов рыб в хорошем (лещ и щука) и удовлетворительном (окунь и язь) состоянии, и вылов несколько увеличился.

Численность любящих холодную воду рыб (сиг, ряпушка и налим) за последнее десятилетие уменьшилась из-за неблагоприятных погодных условий (отсутствие или кратковременность ледового покрова, летом – чрезмерное прогревание воды и т. п.).

В последние годы запасы промысловых видов рыб в озере Выртсярв стабилизировались, немного выросла добыча угря. Однако существенного роста улова не предвидится.

Связанные с уменьшением рыбных запасов Эстонии опасения:

• вследствие сокращения рыбных запасов в Эстонии сократился вылов рыбы, и существующие промысловые мощности превышают запасы рыбы, которые могут быть использованы;
• малые возможности лова и чрезмерные мощности рыбной ловли способствуют росту незаконной ловли;
• сократилось число подходящих для нереста рыб территорий и мест обитания, так как их состояние ухудшилось, или затруднен доступ к зонам нереста или местам обитания;
• по причине большой нагрузки лова и сокращения зон нереста запасы части видов рыб достигли угрожающего состояния, поэтому для их сохранения и восстановления следует воспроизводить рыбные запасы в питомниках и помещать в водоемы рыбную молодь;
• сопутствующее рыболовству негативное влияние на экосистему в связи с выловом маломерных рыб, а также с гибелью морских млекопитающих и птиц в средствах рыбной ловли.