Чрезмерный вылов рыбы, а также отсутствие подходящих мест деторождения или обитания стали причиной угрозы для выживания многих видов рыб (лосось, угорь, морская форель), и их естественная способность воспроизводства слишком мала. Для восстановления или укрепления их природных колоний занимаются воспроизводством рыбных запасов.

Воспроизводство рыбных запасов означает, что выращенные в рыбных питомниках молодые рыбы выпускаются в водоемы. Какие именно виды нужно запускать, определено в программе «Воспроизводство требующих государственной защиты и подверженных угрозе исчезновения видов рыб и рыбных запасов в 2002 – 2010 годах».

Среди выращиваемых с целью воспроизводства видов наибольшей угрозе подвержен лосось, возможности нереста которого из-за хищнической ловли и построенных на реках плотин существенно нарушены. Согласно плану Комиссии Балтийского моря по рыболовству (IBSFC) 1997 года в отношении лосося Эстония должна к 2010 году обеспечить в реках с потенциальным обитанием лосося в пределах 50% максимальной возможности нереста лосося. В большем объеме начали запускать лосося в водоемы после создания в 1994 году Центра выращивания рыбы в Пылула. В Пылула имеется также генный парк лосося из реки Кунда, откуда взята икра для производства мальков.

Второй по величине расселяемый вид – это угорь, но цель его расселения состоит в увеличении возможностей лова во внутренних водоемах. Поскольку после строительства Нарвской плотины в 1950-х годах угорь больше не попадает в верховья реки, то угревое хозяйство базируется в заселенном в Псковском бассейне питомнике.

Повсюду в Европе запасы угря резко сократились, и по инициативе Европейской Комиссии была составлена программа восстановления запасов угря, начиная с 2009 года. На ее основе средства лова сокращаются в течение пяти лет настолько, чтобы улов уменьшился на 50%.

После лосося и угря следующее значение по расселению имеет морская форель. Из других видов расселяются еще жерех, судак, линь, карп, щука и речной рак.